南京教案
南京市教案是基督教在中国所遇到的第一次教案，发生在朱翊钧万历四十四年（1616年），事件的发起人是礼部侍郎署南京礼部尚书沈。沈榷在1615年到南京任职。当时，天主教在南京建立了教堂，教务有很大的发展。1616年，沈榷向万历帝写了几封信，信中极力批判天主教的教义和教徒，认为他们对皇帝和中国的文化都很不尊重。他站在儒家的立场上，提出了种种理由，列举了一系列证据，完全否定了天主教，甚至说天主教的历法也破坏了中国人的道德秩序。在华天主教传教士与白莲教有染，图谋不轨，徐光启上疏辩护不果。沈榷最初的两次尝试并没有成功，第三次他联合了皇帝的一位亲信和其他几位高官共同攻击天主教。一些传教士如高一志、谢务禄（Alvarus de Semedo ，后改名曾德昭）等在南京市被逮捕，官方宣布了天主教的一系列罪行，十二月庞迪我、熊三拔等人从北京被押解澳门。他们所建立的教堂被拆毁，一些墓地也遭到破坏。这次教案持续了三年的时间，1621年沈榷被撤职，天主教又重新恢复了活动。这是明朝末年西洋传教士在华的第一次重大挫折。
正文
背景
16世纪，欧洲宗教改革运动风起云涌，猛烈地冲击着天主教在欧洲的统治。面对宗教改革潮流，罗马教廷也采取了一些自我革新措施，耶稣会就是在这样的背景下诞生的。为改变天主教在欧洲的困难局面，罗马教廷派遣耶稣会士前往中国传教，以扩大天主教的信仰领地及在东方的影响。
1619年7月15日，汤若望和他的教友们抵达了澳门，被安置在圣保禄学院里。传教士们一踏上中国土地，便开始精心研习中国语言文化，甚至以掌握北京官话为目标。这些西方硕士入乡随俗，脱下僧袍，换上儒服，住进中式房屋，并潜心研究中国经史和伦理，寻找其中东西方文化的融合点。在同朝野名流交往的过程中，这些上通天文，下知地理，又熟读汉文典籍的西方传教士，自然赢得了中国文人士大夫的好感和信任，从而达到其传播信仰的目的，这就是利玛窦开创的“合儒超儒”的传教策略。但有些狂热的传教士们，认为利玛窦过于迁就中国人，影响了天主教的“纯正性”，发展教徒速度太慢。在利玛窦去世之后，开始改变利氏的传教路线，采取激进式的传教方式，坚决排斥儒家思想，严禁中国教民祭天、祭祖、拜孔子，激起了社会人士的反感与怀疑，酿成“南京教案”，传教士们被驱逐，在中国内地几乎无立足之地。
经过
南京市教案由当时南京的礼部侍郎沈榷发起。1616年沈榷连上三张奏书给皇帝朱翊钧，控告传教士，罪状主要有三方面：
1.传教士送礼物给中国人是为了收买人心，以致在适当时候可以倾覆中国。
2.传教士曾帮助中国修历，推算日蚀、月蚀等日期。沈榷认为传教士以西洋方法治历，违反尧舜一向的做法，是有意变乱中国传统。
3.沈灌指控传教士破坏儒家文化，教导人不拜祭祖先，这更是中国人不能容忍的。
沈榷上书皇帝后，皇帝并无反应。加上中国信徒徐光启为传教士辩护，事情就不了了之。但沈榷一再上奏，引起各地群众排教。朝廷最后下令“禁教”，勒令将传教士驱逐出境。于是传教士有些被杀，有些下在监里，日后又被驱逐出境。这时传教士大多撤退到澳门，有些则躲在信徒家中，不能再公开传教。在外表上教会活动看似停止了，但暗地里工作却未停止。不过这次南京教案，确实带给了教会一定的损失和限制，数年后，教案就平静了。明朝最后的一位皇帝崇祯皇帝，因推算日、月蚀的士大夫屡屡出错，令崇祯十分不满，于是又准许传教士进中国，天主教在中国又再度活跃起来了。
明朝被推翻后，朝代的改变，并没有影响天主教在中国的发展。南京教案后七、八十年之间，天主教基本上的发展是很顺利的。当时中国十几个主要省份都建立了教堂，但就在教会顺利发展时，传教士之间在礼仪问题上，却产生了很大的争论，使教会受到很大的影响和打击。
评价
南京教案是东西方不同的文化价值观、晚明党派斗争等因素综合作用的结果，成为晚明天主教传华后发生的第一起影响较大的反天主教事件。