阿勒泰市第二中学为全额预算管理事业单位，机构规格相当正科级，隶属阿勒泰市人民政府（业务受市教育局管理），其职责任务、内设机构和人员编制配置如下。
职责任务
1、全面贯彻执行党的教育方针、政策和法规，实施中小学义务教育，促进基础教育发展，开展中小学学历教育和相关社会服务；
2、根据国家课程设置标准完成各学科教学任务，充分利用地方课程和校本课程，组织学生开展积极健康的课外活动，促进学生全面发展；
3、建立健全学校各项安全管理制度，落实安全工作责任制和各项安全措施;
4、建立卫生负责和检查制度，把学校卫生工作纳入目标管理内容；
5、建立学校、家长沟通制度，引导家长参与学校管理；
6、建立校产档案，对所有校产进行登记，加强对校舍及附属设施的管理与维护；
7、按教育规律办学，实施素质教育，提高教育质量；
8、搜集、整理相关信息资料，建立健全学校档案；
9、承办上级交办的其他工作。
内设机构
根据上述职责任务，阿勒泰市第二中学设置2个职能股（室）。
办公室
综合协调全校重要事务，负责文秘、机要、档案、收发、信息、财务、劳资、资产、统计、考勤、教职工考核、考评、信访、后勤服务和对外接待等工作，督办各项工作任务的落实。
教务室
贯彻实施国家教育部颁布的教学计划和各科教学大纲，负责教科书、参考书的订购、发放工作；有计划的开展教学研究和教学改革活动；组织各类考试和各学科竞赛活动；负责检查教师教案及学生作业情况；负责学生学籍档案的填写、保存等工作。
人员编制
阿勒泰市第二中学核定中小学教职工编制*名，其中科级领导职数*名（正科级领导职数*名，副科级领导职数*名）。