卞三元(1616年—1697年),字月华,号桂林市,祖籍不详,汉军镶红旗人,清代初期政治人物。他在诗歌创作方面有一定造诣,著有《公余诗草》一书。
崇德六年,乡试中举,历任秘书院副理事官。
顺治元年,担任山东登州府知府,次年改任扬州府知府。
顺治三年,任山东按察使司副使、东昌兵备道。同年改任江南布政使司右参议、淮海兵备道。
顺治九年,升任湖广按察使司副使。
顺治十三年,担任陕西苑马寺卿。次年,改任山西省按察使。
顺治十六年,以右副都御史,任贵州省巡抚。
顺治十八年,改任云南省总督。
康熙四年,担任云贵总督。谥恪敏。
卞三元的父亲是卞为凤。他的儿子卞永誉,曾任福建巡抚、刑部尚书。他的弟弟卞三畏,字仲华,曾任汾阳市知县。