孔肠科（学名：Opecoelidae）是扁形动物门、吸虫纲、复殖吸虫目的一科，是复殖亚纲下物种最丰富的一科。虫体小型，稍为细长，背腹扁平，体表通常无刺，肛门有或无。腹吸盘可能具有或缺乳头状或触手状附属物。孔肠科的吸虫主要在淡水和咸水的真骨类支序鱼类中寄生，包含近100个属、接近900个物种。
形态特征
孔肠科的虫体小型，稍为细长，背腹扁平，体表通常无刺。肛门有或缺。腹吸盘具有或缺乳头状或触手状附属物。睾丸2枚，居卵巢之后，前后排列或斜列。外贮精囊有或缺。阴茎囊发育不全或缺，或稍有发育。生殖孔在腹吸盘之前，肠分叉之前或之后，居中位或亚中位，例外者有在亚侧位的。可有辅助吸盘。卵巢在睾丸之前，居中位或亚中位。受精囊有或缺。具劳氏管，子宫通常完全在卵巢之前，卵一般较大。卵黄腺滤泡通常较大，分布范围不定。排泄囊管状或囊状。
生活习性
主要种属
孔肠科的主要种属包括孔肠吸虫属（Opecolus）中华海鲇孔肠吸虫（O.arii）、合肠吸虫属（Coitocaecum）的斜睾合肠吸虫（C.piagiorchis）、真肉吸虫属（Eucreadium）的真肉吸虫（E.aristichthydis）。